Le XIV ème siècle est marqué par deux crises majeures : la Peste Noire et la guerre de Cent ans. Les guerres de religion n'épargnent pas Avignonet. Par contre, la Renaissance est aussi celle d'Avignonet avec la grande richesse issue de la culture du pastel.

En 1329, un navire en provenance de Crimée ramène dans ses cales, la Peste Noire qui décime un tiers de la population européenne. L'épidémie est terrible, elle atteind le Lauragais en 1348, emportant la moitié de la population.

Le sort s'acharne puisqu'à la Peste Noire succédent les épisodes terribles de la guerre de Cent ans. Les anglais attaquent le Languedoc en 1355, le Prince Noir est alors le bras armé de son père Edouard III, prince de Galles. Réunie à Bordeaux, une grande troupe se met en marche en octobre. Le 31 du même mois, Avignonet et toutes les villes de la région brûlent. La chevauchée du Prince s'arrête devant Carcassonne, défendue par le comte Aymeric.

Après avoir subi les ravages de la Peste et des Routiers, Avignonet subit les guerres de religion. Dans la nuit du 9 au 10 mars 1578, les huguenots escaladent les murs d'enceinte pour mettre la ville à sac, voler et rançonner les habitants.

Le rétable de l'église, particulièrement remarquable, en bois doré, entièrement sculpté, est alors détruit par les Protestants.

Avec la culture du Pastel, Avignonet connait une nouvelle prospérité, à l'instar de Toulouse et d'Albi. Le PASTEL est une crucifère bisannuelle dont les feuilles produisent une étonnante teinture bleue. La silique semée en hiver donne au printemps des touffes de feuille, puis des fleurs jaunes et des graines l?année suivante .
Les feuilles récoltées sont travaillées à la main pour former des pelotes , « les cocagnes » ou « coques », d?où le nom de « Pays de cocagne . »
Ces coques forment ensuite une matière granuleuse « agranat » conditionnée pour l'exportation . C'est de cette coque que l'on extraye la fameuse teinture bleue, en effet au contact avec l'air, la teinture jaune issue de la plante s'oxyde pour progressivement devenir bleu, d'un bleu étonnant.
Le pastel forge donc la réputation et la richesse du « Pays de Cocagne ».
Le commerce est florissant ,mais ,vers 1590 l'indigo des Indes, de meilleure qualité, sonne le déclin de l'âge d'Or du « Pays de Cocagne ».