Le début du catharisme en Lauragais est à situer aux alentours de 1160. Reposant sur une morale sévère, basée sur l'ascèse, seuls quelques initiés, les parfaits, pouvaient la pratiquer. Les foyers les plus actifs du catharisme se situent entre Avignonet et Carcassonne. Devant l'avancée de l'hérésie, le Pape ne pouvait plus rester sans réaction. Il décide d'employer des moyens violents, c'est le début de la croisade contre les Albigeois (autre nom donné aux cathares). Avignonet entre alors en scène.
L'inquisition à Avignonet
En avril 1233, le Pape Grégoire IX institue les tribunaux d'inquisition. Majoritairement dominicain, les juges vont de village en village pour faire abjurer leur foi cathare aux plus récalcitrants. La procédure, basée sur le droit romain empêche l'accusé de se faire représenter pas un défenseur et accepte la torture. Si des aveux sont faits, et le refus d'abjurer évident, les sentences peuvent alors aller jusqu'à l'emmurement voire la mort. Pour mémoire, aux Casses, soixante hérétiques sont brûler vifs en place publique.
Alors que la croisade des barons du Nord, emmenée par Simon de Montfort avance et que les inquisiteurs mènent leurs funestes taches, l'épisode d'Avignonet est noté par l'historien du catharisme, Roquebert, dans son "Epopée Cathare" comme un des moments les plus importants de l'histoire de la croisade des Albigeois.
A la fin du mois de mai 1242, des inquisiteurs tiennent tribunal à Avignonet. La ville est un baillage de Raimon d'Alfaro, viguier du Comte de Toulouse, Raimon VII, fervent soutien des cathares contre les veillités des princes du Nord.
Soixante hommes dont 15 chevaliers descendent de Montségur, fief cathare, au cours de leur route, la troupe augmente. En pleine nuit noire, Raimon d'Alfaro les attend à la porte du château, alors que des complices ont ouvert les portes de la ville. Un écuyer les conduit dans la pièce où dorment les inquisiteurs. Pris par surprise, le tribunal est anéanti, Guilhaume Arnaud, chef des inquisiteurs, terreur du Lauragais, a la langue tranchée, tant elle symbolise les crimes des prélats. Le Comte de Toulouse et la population du Languedoc pensent y gagner leur liberté. Las, cet épisode fait redoubler de violence la croisade contre les cathares et Montségur ne tarde pas à tomber, après un long siège décidé tant par le Pape que par le roi. Au printemps 1244, le pog de Montségur capitule.
Les représailles
Après cet épisode sanglant du 28 mai 1242 , en représailles, la Papauté décide la fermeture de l'église.
La légende dit qu'en 1282, alors que la Papauté décide de la réouverture de l'église, une statue de la Vierge, en bois , est découverte sous le porche de l’église : « Les cloches se mirent à sonner durant un jour et une nuit . »
L’église actuelle fut certainement construite en l’honneur de cette Vierge. Le pape Paul III, par la bulle du 4 janvier 1537, accorde aux visiteurs de l’église une indulgence plénière. C’est certainement à cette époque qu’est née la confrérie de Notre Dame des Miracles .Cette bulle est conservée à l’église .
Le lundi soir veille du premier mardi de juin, une procession est organisée à travers les rues du village , à la nuit tombée , bourdonnais à la main . La Vierge est portée dans les rues. Les pèlerins affluent de toute la région.
Le lendemain premier mardi de juin, une messe solennelle ouvre le pèlerinage qui dure tout le mois. Les pèlerins peuvent demander des indulgences à la Vierge et effectuent à genoux la traversée de l’église du clocher jusqu’à l’autel .
Dans les registres du 18 siècle sont relatés divers miracles que l’on attribue à ND des Miracles
De nombreux EX-VOTO recouvraient les murs de la chapelle dédiée à ND des Miracles , ils ont été enlevés par les autorités religieuses,lors de la réfection de la chapelle , il y a quelques années , pour être placés dans la sacristie .
Ce tableau de Dayssac, date de 1703. Cette huile sur toile est une copie d’un tableau peint en 1631 qui était lui même la copie de l’original détruit en 1562 par les protestants .Il représente le massacre des inquisiteurs le 28 mai 1242 et la montée au ciel des inquisiteurs. Frère Guillaume Arnaud, frère Etienne et leurs compagnons en présence des anges se dirigent vers le Christ, la Vierge et St Joseph .
Ce tableau changea plusieurs fois de place .Lors de récents travaux (réfection des chapelles et de l’éclairage de l’église, il a été placé près de la porte du clocher où il occupe un espace permettant une bonne visibilité et un éclairage spécifique. Il se trouvait auparavant au-dessus de la porte d’entrée latérale, donc trop haut et peu visible .
Avignonet occupe une place privilégiée sur l’axe naturel Sud - Est, Nord –Ouest qui relie la Méditerranée à l’Océan atlantique. Des fractures dans la molasse ont provoqué cette gouttière bordée de collines dans laquelle coule l’Hers Mort et où passent Canal du Midi, R.N. 113 et A 61, voies importantes de communication. 
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